Características principales
Un lago salino, endorreico en un ambiente semidesértico, situado cerca de 1.300 m sobre el nivel del mar, en una depresión al pie de las montañas de la región Andina central.

El área máxima de agua abierta ha alcanzado las 65.000 ha, pero está actualmente reducida a casi un tercio de esta medida.

La reducción del volumen del lago ha resultado de la disminución del agua proveniente del Río Malargüe y sus corrientes tributarias, las que son usadas para mantener un balance natural con el agua perdida a través de la evaporación.

Hay variaciones estacionales en la posición de las márgenes del lago y de la profundidad del agua abierta (promedio 30 cm).

Toda el agua entrante se origina del derretimiento de nieve a través del Río Malargüe o de varias fuentes al oeste y noroeste del lago, por lo que el nivel de acumulación de nieve en invierno determina la fluctuación estacional del volumen del lago.

En las áreas alrededor del lago donde el agua usualmente se acumula (generalmente de suelo arcilloso) a menudo se forman pequeñas piletas semi-permanentes (que duran desde días hasta varios meses) existe una cubierta de matorrales de Atriplex sp. y Prosopis strombulifera. En las áreas donde se acumula sal pero no agua, hay una importante comunidad que incluye Suaeda divaricata y Atriplex lampa, formando una cubierta grande pero abierta en los bordes del norte del lago.

La mayoría de la vegetación en la cuenca de Llancanelo es xerófila o halófila. Una pequeña pero representativa flora de matorrales de montaña alcanza el área alrededor del lago por el norte, así como la estepa patagónica lo hace por el sur.

El sistema de Llancanelo tiene poblaciones de hasta 150.000 aves acuáticas (pertenecientes a 74 especies) en el verano.

Hay 24 especies de aves que nidifican regularmente, incluyendo colonias de 10.000 nidos de Phoenicopterus chilensis, 1.500 nidos de Cygnus melancoryphus y colonias mixtas de hasta 400 nidos de Ardeidae. El lago alberga 15 especies de aves migratorias en verano, incluyendo más de 12.000 Charadriidae. Concentraciones de 24.000 Cygnus melancoryphus y 8.000 Coscoroba coscoroba tienen refugio en las aguas del lago mientras no vuelan durante la muda posterior a la reproducción. La amenazada Chlamyphorus truncatus vive en bancos de arena y la amenazada y endémica Tympanoctomys barrerae se encuentra en áreas halofíticas.

Conservación
Los alrededores se encuentran muy espaciadamente habitados por humanos.

No hay construcciones en la vecindad del lago, pero por más de 100 años la tierra ha sido usada para rancheo (ganado, ovejas, cabras y caballos).

La mayoría de las lagunas o establos para cría están situados en campos lejos del sistema acuático (pero dentro del sitio propuesto).

El pastoreo es sólo significativo en algunos sectores.

El gobierno provincial posee la Reserva Provincial de Fauna Laguna Llancanelo de 42.000 ha, y un 70 % del área ocupada por el humedal está legalmente protegida.

La caza y la pesca en el lago fueron prácticas comunes hasta 1980, pero declinaron significativamente luego de que se creó la reserva.

Dado el precedente de la caza y de la pesca, y la abundancia de fauna, la caza furtiva permanece como un problema potencial.

Los mamíferos Myocastor coypus, Dusicyon culpaeus, D. griseus, Lagostomus maximus y Zaedyus pichiy (un armadillo patagónico) son especies blanco. Phoenicopterus chilensis son algunas veces adquiridos de los habitantes locales por mayoristas que luego los exportan ilegalmente a países vecinos.

Existe algo de pesca ilegal. Sin embargo desde 1993 la presencia permanente de guardaparques ha contribuido al control de la caza furtiva. Actualmente se está diseñando un plan de manejo.

El uso de la tierra (rancheo / actividades agrícolas) es más intenso en el resto de la cuenca fuera del sitio Ramsar, y hacia la ciudad de Malargüe. El agua del Río Malargüe es usada antes de que llegue a Llancanelo y distribuida de acuerdo a derechos de irrigación regulados por el Director General de Irrigación de la Provincia de Mendoza. Esta agua suministra la provisión doméstica para el Departamento de Malargüe, siendo el resto distribuido para agricultura y rancheo. El uso creciente está afectando el nivel del lago y hay esfuerzos para mantener un flujo mínimo de entrada al lago.

No se ha hecho un estudio de la capacidad de carga del área para animales de pastoreo, ni una evaluación de otros impactos del pastoreo.

Las operaciones de petróleo en el área están reguladas (protección ambiental y evaluación de impacto) por el Director de Recursos Naturales Renovables de Malargüe, a través de compañías de salud ambiental y la Cooperativa Inti-Natura Ltd.

Una planta de procesamiento de uranio anterior está localizada a un kilómetro al noreste del centro del Departamento de Malargüe. Esta planta produjo una amontonamiento de basura residual de dimensión considerable (400 m de largo por 300 m de ancho y hasta 6 m de altura) que está localizada en el área penetrada por el abanico aluvial del Río Malargüe y el Arroyo Chacay. Las ramas de estos cursos de agua descargan en la planicie fluvio-lacustre de Llancanelo.

Existe una amenaza potencial de que la contaminación alcance el acuífero freático vía ruta subterránea.

El instituto Argentino de Investigación de Zonas Aridas (IADIZA) y la Comisión Nacional de Energía Atómica (CNEA) firmaron un acuerdo de colaboración científica para estudiar si realmente hay contaminación y cuáles son o podrían ser sus efectos en el ecosistema.

Históricamente, el hombre introdujo algunas especies de árboles para proveer sombra, pero sólo el tamarindo Tamarix gallica ha tenido éxito en establecerse en áreas de humedales con efectos adversos. Lepus capensis desplaza competitivamente a especies herbívoras nativas tales como Dolichotis patagonum. Otra especie introducida Sus scrofa, causa un daño significativo al suelo y algunas veces depreda sobre huevos de aves y juveniles, especialmente colonias de especies que nidifican en canales deltaicos y piletas temporarias.

El lago está situado sobre una gran crosta salina, que está protegida de la erosión cuando está cubierta de agua. Cuando la cubierta del lago queda expuesta porque el agua retrocede, los vientos que estacionalmente alcanzan hasta 150 km./h pueden levantar la sal y depositarla sobre el área circundante, con la consecuente salinización de suelos productivos.

El lago y sus alrededores son una atracción turística educacional, única en una zona por lo demás árida. En términos de turismo, las visitas al lago están actualmente restringidas a caminatas guiadas y sendas naturales.

No hay infraestructura o planes de desarrollo turístico, aunque económicamente el beneficio potencial del turismo apropiadamente desarrollado y manejado parece interesante.

No hay infraestructura de parque salvo el puesto del guarda.